LẬP TỜ KHAI THUẾ GTGT BỔ SUNG TRONG TRƯỜNG HỢP NÀO?

Theo quy định hiện hành, cụ thể trong giai đoạn từ 1/7/2026. Phụ lục II của thông tư 89/2026 quy định các trường hợp

 Các trường hợp khác thực hiện theo quy định tại Điều 12 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP ngày 30/6/2026 của Chính phủ và Phụ lục II Thông tư 89/2026

Đọc hiểu phần hướng dẫn phụ lục II của thông tư, tại  mục 3. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng. 

03a- Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế chỉ làm tăng số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai, sót (trừ trường hợp 02 nêu bài 2 mục 2) thì lập hồ sơ khai bổ sung của kỳ tính thuế có sai, sót. Số tiền thuế giá trị gia tăng được khấu trừ điều chỉnh tăng của kỳ tính thuế có sai, sót khai vào chỉ tiêu 38 trên tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ tính thuế phát hiện sai, sót;

Phân tích:

Khi sử dụng cụm từ: Khai bổ sung nghĩa là chuyển về thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế VAT để kê khai – KỲ GỐC (mà không liên quan vat đầu vào)

Sau khi chuyển số liệu đúng vào tờ khai của KỲ GỐC, kết quả không làm phát sinh thêm thuế phải nộp, mà chỉ làm số VAT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau tăng lên.

sau khi đã Khai bổ sung, phần tăng thêm được đưa vào [38] của kỳ phát hiện sai sót.

Ví dụ: Kỳ Quý II/2026, Công ty A đã kê khai:

VAT đầu ra: 120 triệu

VAT đầu vào được khấu trừ: 150 triệu

VAT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau:
150 – 120 = 30 triệu

Đến tháng 9/2026, Công ty phát hiện trong quý II đã kê khai trùng một hóa đơn bán ra, làm VAT đầu ra bị khai thừa 20 triệu. (hoặc hoá đơn khai sai thuế suất thuế vat làm giảm 20tr)

Đây là sai VAT đầu ra, không phải sai VAT đầu vào.

Sau khi sửa sai: Lập tờ khai bổ sung tại quý II/2026 => KỲ GỐC

VAT đầu ra đúng: 100 triệu

VAT đầu vào: 150 triệu

VAT chuyển kỳ sau đúng:
150 – 100 = 50 triệu

Như vậy VAT được khấu trừ chuyển kỳ sau tăng:

50 – 30 = 20 triệu

Cách xử lý:

Công ty Lập tờ khai bổ sung quý II/2026 vì sai sót phát sinh ở quý II/2026

Xác định VAT chuyển kỳ sau tăng thêm 20 triệu.

Tại tờ khai quý III/2026 — kỳ phát hiện sai sót — ghi [38] = 20 triệu.

  03b- Trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ hết chuyển kỳ sau của kỳ tính thuế có sai, sót. (chưa chuyển sang trạng thái phát sinh VAT phải nộp)

03b1- Chưa đề nghị hoàn thuế: Nghĩa là số VAT còn được khấu trừ đó chưa được đưa vào hồ sơ đề nghị hoàn. (trừ trường hợp người nộp thuế phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót )

=> Sau khi lập Tờ khai bổ sung.  Xác định số VAT giảm chuyển kỳ sau là X đ. Trên tờ khai của kỳ PHÁT HIỆN tại chỉ tiêu 37 nhập số liệu Xđ

03b2.1- Đã đề nghị hoàn nhưng chưa được hoàn và thuộc trường hợp được hủy hồ sơ hoàn theo khoản 2 Điều 47 TT89. Do phát hiện số được hoàn sẽ ít hơn ban đầu.

Giả định: Doanh nghiệp đã nộp hồ sơ hoàn 500 triệu nhưng cơ quan thuế chưa giải quyết hoàn. Sau đó doanh nghiệp phát hiện sai sót và muốn hủy hồ sơ hoàn.

NNT gửi văn bản đề nghị hủy hồ sơ hoàn

Lâp tờ khai bổ sung ( Tại kỳ gốc) số thuế giảm 80tr. Số 80tr đó tuy không đủ điều kiện hoàn, vẫn đủ điều kiện khấu trừ.

Kỳ Phát hiện sẽ ghi nhận vào chỉ tiêu 38.
è Phân biệt thuế VAT được khấu trừ và được hoàn

A- Điều kiện khấu trừ thuế VAT theo điều 14 luật thuế GTGT số 48/2024

Có hoá đơn, chứng từ hợp pháp

Nội dung trong hoá đơn phục vụ cho hoạt động sxkd thuộc diện chịu thuế

Thanh toán theo quy định hiện hành

Hàng hoá dịch vụ nhập khẩu có hồ sơ chứng từ hợp lệ

B- Điều kiện hoàn thuế theo điều 15 luật thuế GTGT số 48/2024

Trường hợp xuất khẩu. Có số thuế chưa khấu trừ từ 300tr đồng

Dự án đầu tư

ODA không hoàn lại, viện trợ không hoàn lại/nhân đạo, ngoại giao, người nước ngoài xuất cảnh

03b2.2- Trường hợp đã được hoàn rồi. Kỳ sau phát hiện(do TT+ hoá đơn loại do CA kết luận vụ án…) số được hoàn 420tr  và số 80tr không đủ điều kiện hoàn và cũng không đủ điều kiện khấu trừ. => Khoản tiền này phải nộp vào ngân sách nhà nước + tiền chậm nộp

 Tóm lại Của trường hơp b1+b2 hiểu như sau: ( Đều lập tờ khai bổ sung)

 b.1: Chưa hoàn → Giảm khấu trừ → Chỉ tiêu 37 của kỳ PHÁT HIỆN
b.2: Đã đưa vào hồ sơ hoàn nhưng rút khỏi hoàn → nếu vẫn được khấu trừ thì đưa lại vào 38 kỳ PHÁT HIỆN
Đã được hoàn → Phải nộp lại phần thu hồi+ Chậm nộp từ lúc nhận tiền đến lúc phát hiện.

03c- Trường hợp khai bổ sung làm giảm VAT khấu trừ chuyển kỳ sau và đồng thời làm tăng thuế VAT phải nộp:

=> Khi làm tăng số thuế phải nộp. NNT phải Nộp thuế bổ sung+ chậm nộp.

=> Khi làm giảm VAT khấu trừ chuyển kỳ sau => Ghi vào chỉ tiêu 37 kỳ Phát Hiện

Ví dụ để thấy rõ:

Trường hợp 3.a: Quý II đã khai VAT đầu ra 120 triệu, VAT đầu vào 150 triệu → còn khấu trừ 30 triệu. Sau đó phát hiện VAT đầu ra thực tế chỉ 100 triệu.=> Lập Tờ khai bổ sung làm VAT còn khấu trừ tăng từ 30 lên 50 triệu. Chênh lệch tăng 20 triệu → quý III ghi [38] = 20 triệu.

Trường hợp 3.c: Quý II đã khai VAT đầu ra 150 triệu, VAT đầu vào 200 triệu → còn khấu trừ 50 triệu. Sau đó phát hiện bỏ sót VAT đầu ra 80 triệu. VAT đầu ra đúng là 230 triệu. Sau KHBS, không còn 50 triệu được khấu trừ mà còn phát sinh 30 triệu phải nộp.

Có thể phân biệt

3.a: Lập tờ khai bổ sung làm doanh nghiệp “được khấu trừ nhiều hơn” → [38].
3.c: Lập tờ khai bổ sung làm doanh nghiệp “mất phần khấu trừ và còn phải nộp thêm thuế” → [37] + nộp thuế tăng thêm + chậm nộp

Điểm khác biệt cốt lõi là 3.a vẫn nằm bên phía “còn được khấu trừ”, còn 3.c đã vượt qua mức 0 và chuyển sang trạng thái “phải nộp thuế”. +” Tiền chậm nộp”

03d- Trường hợp  lập tờ khai bổ sung làm giảm số VAT phải nộp và đồng thời chuyển sang trạng thái còn VAT được khấu trừ chuyển kỳ sau thì Vat giảm nghĩa vụ đã nộp được xử lý nộp thừa ( Bù trừ), còn phần VAT được khấu trừ tăng thêm ghi vào [38] của kỳ phát hiện sai sót.

Quý II/2026, Công ty A đã kê khai:

VAT đầu ra: 200 triệu

VAT đầu vào: 150 triệu

VAT phải nộp: 50 triệu

Sau đó tháng 9/2026 phát hiện đã kê khai thừa VAT đầu ra 80 triệu.

Số đúng phải là:

VAT đầu ra: 120 triệu

VAT đầu vào: 150 triệu

VAT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau: 30 triệu

Như vậy sau lập tờ khai bổ sung có 2 hậu quả đồng thời:

Số VAT phải nộp 50 triệu trước đây => Nay không còn nghĩa vụ

Nếu đã nộp 50 triệu thì đây là tiền thuế nộp thừa, được bù trừ hoặc hoàn theo quy định.

Nếu trước đó đã tính tiền chậm nộp thì được điều chỉnh giảm tương ứng.

Đồng thời phát sinh 30 triệu VAT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau.

Quý III/2026, là kỳ phát hiện sai sót, ghi [38] = 30 triệu.

03e – Khi sai sót của dự án đầu tư làm ảnh hưởng đồng thời đến tờ khai 02/GTGT và số thuế được bù trừ trên tờ khai 01/GTGT, doanh nghiệp phải điều chỉnh đồng bộ cả hai tờ khai liên quan; 01 và 02 đồng thời. Riêng dự án đã hoàn thành và đã kết chuyển sang 01/GTGT thì xử lý chênh lệch trên 01/GTGT kỳ phát hiện.

03g- Trường hợp người nộp thuế được kế thừa số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ từ đơn vị do chuyển đổi loại hình doanh nghiệp. Căn cứ Thông báo chuyển nghĩa vụ thuế của cơ quan thuế, NNT kê khai vào chỉ tiêu “Thuế giá trị gia tăng nhận bàn giao được khấu trừ trong kỳ” trên tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT

Link phụ lục II theo thông tư 89/2026 ngày 30/6/2026 Bộ Tài chính 

https://royal.com.vn/wp-content/uploads/2026/09/89_TT-517-520.pdf